Αποχώρησε από το ΠΑΣΟΚ το 1999 και ίδρυσε τον κομματικό σχηματισμό «Δημοκρατική Περιφερειακή Ένωση», με την οποία μετείχε στις βουλευτικές εκλογές του 2000 . 

Το 1994, το ελληνικό κοινοβούλιο υιοθέτησε την πρότασή του για την αναγνώριση της 19ης Μαΐου ως Ημέρα Μνήμης της Ποντιακής γενοκτονίας . 

Υπήρξε μέλος της Εκτελεστικής Επιτροπής της Διεθνούς Ένωσης για τα Δικαιώματα και την Απελευθέρωση των Λαών, και μέλος της διεθνούς ΜΚΟ για τα ανθρώπινα δικαιώματα καθώς και ερευνητής στο Ίδρυμα Μεσογειακών Μελετών. 

Ο πρόεδρος της Ελληνικής Λύσης Κυριάκος Βελόπουλος δήλωσε για την απώλεια του Μιχάλη Χαραλαμπίδη: «Ένας πραγματικός πατριώτης, ένας ασυμβίβαστος αγωνιστής, ο Μιχάλης Χαραλαμπίδης έφυγε σήμερα από κοντά μας. Ο αγώνας του Μιχάλη Χαραλαμπίδη για Εθνική Ανεξαρτησία και Λαϊκή Κυριαρχία, θα εμπνέει για πάντα κάθε Ελληνίδα, κάθε Έλληνα. Η ζωή και το έργο του με κορωνίδα την αναγνώριση της Γενοκτονίας του Ποντιακού Ελληνισμού από τους Τούρκους, επιβεβαιώνει τη ρήση του Ηρακλείτου, «εἷς ἐμοὶ μύριοι, ἐὰν ἄριστος ἦι». Η πολιτική του οξυδέρκεια, καθώς ήταν αυτός που πρώτος εμπνεύστηκε τον εθνικής σημασίας αγωγό Μπουργκάς - Αλεξανδρούπολη, αποδεικνύει ότι η υπεράσπιση του εθνικού συμφέροντος, «γκρεμίζει» τα «κομματικά τείχη»».

ΑΠΕ ΜΠΕ